新日急から乗り継いでスカイポーターを利用する方、またはスカイポーターから乗り継いで新日急を利用する方には、新日急Nライナーの利用料金（Nライナー料金＋座席指定料金）または一般列車特別車座席指定料金が半額になる乗り継ぎ割引制度がございます。
なお、Nライナーで乗り継ぎ割引が適用される座席は、ポータークラスがコンフォートシート、それ以外はレギュラーシートとなります（上級座席利用の際は、座席指定料金のみ割引となり、Nライナー料金は割引の対象外となります。）。
なお、いわて花巻空港利用者は花巻または盛岡から、茨城空港利用者は土浦から、小松空港利用者は小松または加賀中央から、広島空港利用者は三原または広島から、阿蘇くまもと空港利用者は高森または熊本からNライナーに乗車（または下車）する場合に限り、Nライナーの乗り継ぎ割引が適用されます。
